Hasta donde yo se, utilizando el plugin subclipse, no existe modo alguno de cambiar desde eclipse el usuario/contraseña almacenados para svn.
Si utilizas SVNKit, el único modo que he encontrado pasa por borrar el archivo %ECLIPSE_HOME%/configuration/org.eclipse.core.runtime/.keyring de tal modo que al intentar conectar de nuevo al svn se nos pedirá el usuario/contraseña. Pero OJO!! que este proceso elimina cualquier contraseña guardada previamente (no solamente las de svn).
Si, por el contrario, usas JavaHL, la información del usuario/contraseña se almacena en el mismo lugar que el cliente svn de línea de comandos. En Windows se encuentra en %APPDATA%\Subversion\auth. En Linux y OSX en ~/.subversion/auth. Como en el caso anterior, podemos borrar dicho directorio con lo que nos volvería a preguntar usuario/contraseña.
Algunos enlaces de interés
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